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Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
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Um aluno da quarta série investiga a misteriosa razão por trás do súbito aparecimento de pingüins em sua aldeia, que de alguma forma está relacionado ao poder de uma jovem que trabalha em uma clínica odontológica.
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Madoka Kaname, uma menina normal que tinha uma vida feliz se sacrificou para poder salvar as outras garotas mágícas de um destino cruel que aguardava por elas. Para evitar que suas lembranças sobre Madoka sejam apagadas, a garota mágica Homura Akemi continua lutando sozinha no mundo que Madoka deixou para trás, sonhando um dia em encontrar novamente com aquela que ao sorrir, lhe trazia muita nostalgia.
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O filme conta a história através do ponto de vista de Menma, além de incluir cenas de um ano após os acontecimentos da série.
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A história de Hotarubi no Mori e se foca em uma pequena garota chamada Hotaru. Ela se perde em uma floresta que popularmente é dita como uma floresta em que se reside vários espirítos. Na floresta Hotaru se depara com um jovem utilizando uma máscara de raposa. Ele se diz um espiríto com uma maldição que no momento que um humano tocá-lo ele irá desaparecer.”
