O agente do FBI Tom Greer vive em um mundo onde robôs tomam o lugar das pessoas, protegendo-as da violência. Estes humanóides, aparentemente perfeitos e reais, possibilitam à população experimentar comodidade e segurança. Greer e a sua parceira Peters são chamados para investigar a morte de um estudante universitário, cujo substituto é destruído. Em um mundo de máscaras, Greer tem que decidir quem é real e em quem pode confiar, arriscando a sua própria vida para resolver o caso.
Um misterioso vendedor narra uma trágica história de co-dependência enquanto um vigilante mergulha no submundo à procura de seu amor perdido. Em outra parte da cidade, um policial persegue um assassino de crianças e uma ex-prostituta escapa de seu cafetão com a ajuda do novo namorado.
Nova York, final dos anos 1930. A repórter Polly Perkins descobre que os cientistas mais famosos do mundo estão desaparecendo. Após a cidade ser atacada por imensos robôs voadores, ela resolve pedir ajuda ao piloto e aventureiro e seu antigo namorado Joseph "Capitão Sky" Sullivan e Dex, o fiel ajudante dele. A missão principal do grupo é localizar o megalomaníaco doutor Totenkopf, que está escondido em algum lugar do Nepal e planeja destruir o mundo.
Já perto do fim da 2ª Guerra Mundial, os nazistas tentam eliminar seus inimigos usando magia negra. Uma das experiências feitas é a tentativa de invocar forças ocultas. Um deste rituais é interrompido pelas forças aliadas, que encontram um garoto com aparência de demônio e a mão direita feita de pedra, apesar do ritual não ter sido concluído. O garoto passa a ser chamado de Hellboy e é levado pelos Aliados. Sessenta anos depois, Hellboy agora luta pelo bem e é chamado quando um estranho fenômeno, possivelmente sobrenatural, acontece.
Quando um alienigena renegado de Kylothian, disfarçado como modelo de lingerie, ameaça e sobrevivência da raça humana, os agentes começam a caçada. Com suas identidades sob sigilo e pouquíssimo tempo para evitar o desastre, os agentes K e J contam com a ajuda do cachorro Frank e outros alienígenas para ajudar-lhes na caçada do mais sexy invasor do planeta.
