Animation Director
Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.
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Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
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Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.
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Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?
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Um príncipe do País da lua está viajando o mundo e precisa ser escoltado de volta pra sua ilha natal por Naruto, Kakashi, Sakura e Lee. O país da Lua parece ser realmente bem rico pois seu Príncipe tende a comprar tudo o que seu coração deseja, durante suas viagens o Príncipe precisa atravessar um grupo de circo que tem como atrativo um raro tigre dentes de sabre que ele simplesmente tem que ter!!! Então ele simplesmente compra o circo todo! E de repente uma missão para proteger um príncipe arruinado que não escuta nada do que dizem vira uma missão para cuidar de animais e um príncipe que não escuta nada do que dizem, e no final dar um jeito de voltar em segurança para sua terra natal. Ainda por cima surgem três misteriosos ninjas usando jutsus ameaçadores que estavam apenas a espera deles para recepciona-los…
Key Animation
Depois de relaxar na praia, os Chapéus de Palha acham que o Going Merry foi roubado por ladrões. Eles os perseguem ,depois que eles são encontrados eles identificam-se como os irmãos ladrões, que planeiam roubar o relógio de diamante da Ilha Nejimaki tornando-se os maiores ladrões do mundo. Eles, então, encontram , um grupo de piratas perigosas com seu capitão, Bear King, que tem a intenção de se tornar o Rei dos Piratas. Depois Nami é sequestrada, a viagem dos Chapéus de palha para a Ilha Nejimaki e desafiar os Irmãos Ladrões para uma grande batalha no Trunfo do Castelo.
