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Tudo o que vilão Megamente mais queria era eliminar seu adversário Metro Man e assim dominar a cidade de Metro City. Só que para isso era necessário um plano ainda mais diabólico do que todos já tentados anteriormente. Um dia, com a ajuda de Criado e após sequestrar a repórter Rosane Rocha, o malvado consegue o inimaginável, para ele e para todos: dar um sumiço no herói. A única coisa que ele não contava era que sua vida se tornaria tão chata a ponto de ele inventar um herói para combater.
Visual Development
Alex, Marty, Melman, Gloria, Rei Julien, Maurice, os pinguins e os chimpanzés estão no longínquo litoral de Madagascar. Para deixar o local os pinguins consertam um velho avião de guerra, mas logo em seu 1º voo ele cai. Isto faz com que os animais do zoológico de Nova York tenham que lidar, pela 1ª vez na vida, com espécies semelhantes a eles, só que habituadas à vida selvagem.
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O leão Alex é a grande atração do zoológico do Central Park, em Nova York. Ele e seus melhores amigos, a zebra Marty, a girafa Melman e a hipopótamo Gloria, sempre passaram a vida em cativeiro e desconhecem o que é morar na selva. Curioso em saber o que há por trás dos muros do zoo, Marty decide fugir e explorar o mundo. Ao perceberem, Alex, Gloria e Melman decidem partir à sua procura. O trio encontra Marty na estação Grand Central do metrô, mas antes que consigam voltar para casa são atingidos por dardos tranquilizantes e capturados. Embarcados em um navio rumo à África, eles acabam na ilha de Madagascar, onde precisam encontrar meios de sobrevivência em uma selva verdadeira.
