Key Animation
Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.
Second Unit Director
Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
Second Unit Director
Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.
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Continuação do primeiro filme, onde tudo será revelado.
