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A estação é outono e a cidade de Neo-Venezia está coberta de folhas caídas. Algo está incomodando Anya, que trabalha no Orange Planet. Suas colegas mais velhas, Alice e Athena, não se viram devido à agenda lotada, o que está fazendo Athena Mas, por algum motivo, Alice parece evitá-la completamente. Com a ajuda de suas amigas Ai e Azusa, Anya tenta encontrar uma maneira definitiva de Alice e Atenas se encontrarem. Mas durante esse tempo, Anya fica sabendo de uma situação que só ela pode ver por causa de onde ela está.
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In order to take over her grandmother's Dagashi store, art student Kumi Honamanuma moved to Kyoto. She met Harami Mino, K Kusanagi, Mai Haisaka, and a dog who lives in the store, which supposed to be empty. Kumi ended up living with these girls, who claim that they are heroes reincarnated to contemporary period to chase after the demon king. Harami and others seem to live in a peaceful life with no missions to to do anymore, Ran, who was demon king in the past and appears to be an elementary school girl from failing to reincarnate, one day. The story begins with Ran requesting to collect demon king's fragments.
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A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.