A devastadores varreduras pandemia através de New York City na Black Friday, e um por um, os serviços básicos falhar. Dentro de semanas, a sociedade entra em colapso no caos, e o governo ativa A divisão, uma unidade de classificação dos agentes auto-sustentável. Levando uma vida aparentemente comuns entre nós, agentes da Divisão são treinados para operar independentemente do comando quando tudo mais falhar. Na divisão de Tom Clancy: Agente Origens, quatro agentes recentemente ativados deve servir como civilizações última linha de defesa depois que um vírus criado pelo homem devasta Nova York.
