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É o ano de 2031, quando os esporos da Flor da Vida se espalharam pelos restos do SDF-1 e do SDF-2, a Terra Invid saindo do Hiperespaço, em uma colisão frontal com a Terra. Eles caem no local, rapidamente transformando-a em sua colmeia enorme, que mais tarde seria chamada de Ponto de Reflexo. Em questão de instantes, os Invid assumem o controle do planeta devastado.
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Menos de um ano depois de Geist ativar a Death Force, que dizimou a maioria da população da Jerra, ele manteve-se ocupado pelo desmantelamento das máquinas da Força Morte, um por um. A maior parte da população humana restante fugiu para um refúgio remoto dirigido por um senhor da guerra chamado Krauser. Krauser é outra unidade MDS, MD-01, que tem uma tecnologia que esconde sua fortaleza móvel da Força Morte. Quando ele encontra Geist, uma luta inicial tem lugar, onde Krauser derrota Geist, jogando-o de uma ponte da fortaleza em um abismo que é usado para descarte de resíduos.