Passaram-se quinze anos após o final de Ultraman Dyna, onde somos apresentados ao novo membro da Super GUTS, Nozomu Taiga. Durante uma perseguição, Taiga é salvo por Zero e ambos entram em simbiose, porém podem se comunicar entre si, sem deixar o hospedeiro adormecido (como na outra vez). Taiga é tele transportado por uma Granspheres e vai para um outro universo onde Alien Bat domina e cria o monstro Hyper Zetton.
Num futuro próximo, o Japão está à beira de um colapso económico. Milhões de pessoas encontram-se desempregadas, e não existe qualquer disciplina nas escolas. Como resposta à crise, o governo institui o programa Battle Royale para tentar controlar a crescente vaga de crimes juvenis. Depois de selecionada aleatoriamente uma turma de quarenta rapazes e raparigas com 15 anos, estes são raptados e enviados para uma ilha no meio do nada. Os estudantes são então obrigados a participar num jogo mortal sem regras, onde lhes é dada apenas uma arma, água e três dias para lutarem até à morte, até que um único sobrevivente saia vencedor. E se mais do que um estiver vivo depois do tempo limite, todos os concorrentes serão mortos.