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Appleseed se passa num mundo que acabou de sofrer uma guerra não-nuclear, porém esta guerra foi tão longa, que ainda existem soldados pelo mundo que não sabem do fim dela. Um desses soldados é Deunan Knute, a protagonista do filme. No inicio do filme, ela está se defendendo de outros soldados quando um terceiro grupo entra e a captura. Esse grupo pertence a cidade, chamada Olympus que sobreviveu a guerra. A cidade é controlada por um super-computador, Gaia, regido por sete anciões, The Seven Wisest Men. Metade da população da cidade é Bioroid, um tipo de clone, criados para que a sociedade fique mais estável.
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Embarcado em mais uma incrível peripécia, o ladrão Arsène Lupin III e seus comparsas, Daisuke Jigen e Goemon Ishikawa, buscam uma misteriosa pedra encontrada numa pirâmide do Egito. Atraída pela promessa de uma eternidade de beleza e juventude, a aventureira Fujiko Mine une-se a um sinistro sábio conhecido com Mamo para trair Lupin e roubar o artefato. Com o inspetor Zenigata em seu encalço, a busca por Fujiko leva Lupin e seus amigos à misteriosa ilha de Mamo, onde descobrem os obscuros segredos que representam uma ameaça ao mundo inteiro. Agora, depende de Lupin impedir que o cientista coloque em prática o seu melhor plano para dominar a humanidade.
