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Major Motoko Kusanagi, uma ciborgue do Setor de Segurança Pública 9, recebe a missão de capturar um hacker que está dominando a mente de humanos aperfeiçoados por computador. Mas ela acaba se envolvendo em uma trama de conspirações, que atinge interesses da alta cópula da política.
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Uma unidade da polícia japonesa que usa robôs antropomórficos gigantes (chamados Labors) está envolvida em uma disputa política entre as autoridades civis e militares quando um ato terrorista é atribuído a um jato da Força Aérea. Com a ajuda de um agente do governo, a equipe se aproxima de um líder terrorista para impedir que as coisas saiam do controle quando os militares são forçados a impor a lei marcial.
