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Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
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A girl named Lemon arrives with a message for Shinnosuke, and he starts training as an action spy. But can he foil double agents and secret plots?
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Designado para uma missão para capturar Mukade, Naruto Uzumaki viaja para as ruínas de outra gloriosa histórica Rouran, onde persegue e encurrala o ninja. Mukade revelou a linha dormente dentro das ruínas, ele amplia o poder da linha temporal, causando uma luz para envolver Naruto, enviando-lhe vinte anos no passado. Quando Naruto acorda, ele entra em contato com seu pai.
