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Situado no ano de 2000 (entre os eventos de Patlabor e Patlabor 2), quando o nível de acidentes de trabalho começa a aumentar em torno da Baía de Tóquio, os detetives da polícia Kusumi e Hata são designados para investigar. O que eles descobrem leva a uma série de encobrimentos do governo, conspiração relativa a uma nova arma biológica intitulada Treze Desperdiçados WXIII e uma conexão pessoal trágica com Hata. A única esperança de acabar com essa ameaça é cooperar com os militares e levar o WXIII a um confronto com o Labors of Special Vehicle Division 2.
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Tudo começa com o extermínio da população da vila Shimoda, aparentemente dizimada por uma peste fulminante. Alguns membros da elite suspeitam que a peste possa ter sido causada de propósito e, por esta razão, a equipe Ninja Koga é recrutada para investigar o problema e descobrir o que realmente aconteceu na Vila Shimoda. Durante esta investigação, um encontro com sanguinários e demoníacos assassinos causa um verdadeiro massacre entre os membros da equipe Koga. Enquanto isto, o protagonista da história, o ninja mercenário Jubei Kibagami, acaba de cumprir com sucesso mais uma de suas missões. Após se perder durante a viagem, Jubei resolve pedir informações a um indivíduo nada amigável e de aparência assustadora. Os eventos que se seguem envolvem Jubei em uma trama que atinge os mais altos escalões do poder japonês, à época em que o Xogunato Tokugawa acabara de se instalar no país.
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Lupika, an alien princess, is in love with a tofu seller. To make him love her too (at least, announce his love. He obviously fears the social taboo of a tofu vendor marrying a princess), she needs to get a love potion, which is in a certain temple. Legend has it that the only person that can obtain this love potion is the most lecherous man in the universe. That man turns out to be Ataru Moroboshi. Lupika kidnaps Ataru to make him get the potion, and Lum and her friends go out to search for Ataru.
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Foxes Ken and Chin become the proud parents of cubs, Koro and Kan, who enjoy a carefree life on the northern Japanese island of Chironup. They befriend a fisherman and his wife but are forced to run for their lives when soldiers on a military exercise decide to take home some fox pelts as souvenirs. A sweet little film that obliquely symbolizes the plight of Japan's aboriginal Ainu people and the northern islands that have been contested with Russia since they were occupied by Stalin's soldiers in 1945.
