Marcados como fugitivos pela própria Federação que juraram proteger, os tripulantes da Enterprise volta para a Terra para enfrentar a corte marcial por crimes cometidos ao salvar a vida de Spock. Em seu caminho, contudo, descobrem que o planeta está sendo devastado por uma gigantesca sonda alienígena, que exige uma resposta de uma forma de vida há muito extinta da Terra. Dentro da nave klingon capturada, Kirk e sua tripulação devem voltar no tempo para salvar a Terra e redescobrir o sentido da amizade.
O estudante do ensino médio Charley Brewster descobre acidentalmente a verdadeira e assustadora natureza de Jerry Dandrige, seu elegante e enigmático novo vizinho, mas ninguém parece disposto a acreditar nele.
Um rapaz bate o recorde de um jogo de fliperama chamado "Starfighter". Na mesma noite, descobre que o jogo é uma maneira de recrutar os "Guerreiros das Estrelas" e é convocado por extraterrestres para ajudar a defender sua galáxia, que está para ser invadida por inimigos.
Ainda sob o pesar do sacrifício final de Spock, a tripulação da U.S.S. Enterprise volta para a Terra do recém-nascido planeta Genesis. Mas nada vai ser fácil: Scott foi destacado para um outro posto; o Dr. McCoy parece estar vivendo um surto psicótico, e a Enterprise A será desativada.Quando Kirk recebe a visita de Sarek, pai de Spock, descobre que o falecido amigo pode ter a chance de ter uma segunda vida. E para isso, deve retornar a Genesis, onde enfrentará o maior dilema de sua carreira.
Sentido que o futuro em nada se parece com o passado que vivemos, o Almirante James T. Kirk começa a acreditar que cavalgar pelo cosmos é um jogo para os jovens. Até que numa viagem de rotina para inspecionar a U.S.S. Enterprise, a carreira de Kirk na Frota Estelar entra em um novo capítulo quando surge um antigo inimigo, Khan Noonien Singh, um conquistador do século 20 geneticamente alterado. Escapando de sua prisão, Khan planeja capturar o Projeto Genesis, um artefato que pode criar e destruir um planeta num piscar de olhos, e destruir seu velho "amigo", Kirk.
Um homem das cavernas, acidentalmente, torna-se o líder de um clã e párias. Com isso, ele finalmente objetiva enganar o maior líder do seu antigo clã, e ganhar o carinho de uma bela mulher
Quando uma entidade espacial destrutiva é avistada a aproximar-se da Terra, o Almirante James T. Kirk regressa à nova e transformada nave U.S.S. Enterprise para interceptar, examinar e, principalmente, deter a ameaça.
