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Jimmy, um mestre Pokémon em treinamento, se encontra com sua amiga de infância, Marina, em um Centro Pokémon, para testar o quanto suas habilidades melhoraram. A batalha dos dois é interrompida por uma tempestade e a chegada de Ana e Attila, dois membros da Equipe Rocket usando o Cristal Milagroso (que atrai Pokémon do tipo Elétrico). O objetivo dos dois é, com a ajuda do Professor Sebastian, conseguir Pokémon e levá-los para Giovanni. Jimmy e Marina acabam esbarrando nesse plano, e eles tentam pará-lo, mas as coisas se complicam quando o Pokémon lendário Raikou é capturado.
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Nessa sequencia do primeiro filme, Ash, Misty e Brock continuam explorando a região de Johto, onde precisam resgatar Pikachu depois de Jessie e James tê-lo sequestrado. A busca os leva a um plâto escontido onde Mewtwo tem um lugar secreto para os Pokémon Clones do filme anterior. O vilão Giovanni, líder da Equipe Rocket, está planejando recuperar Mewtwo e continuar seus esforços para criar um exercito de Pókémons bio-projetados. Ajudado por um Meowth relutante, Pikachu, Ash e seus amigos, Mewtwo vai lutar até o final para proteger seu santuário das garras de Giovanni e seus cúmplices.
