A história foca na relação entre Tsuneo e Josee. Tsuneo é um estudante universitário e Josee é uma adolescente que, devido a sua incapacidade de andar, raramente sai de casa sozinha.
Enquanto se preparam para se matricular em uma nova escola, as alunas do primeiro e do segundo ano encontram problemas inesperados. Além disso, depois de ir para uma viagem de formatura, as alunas do terceiro ano desaparecem. Ao serem separadas, as membros da Aqours apreciam o peso de sua união pela primeira vez. Para avançar, eles devem decidir como reagir às novas situações
