Para resgatar um famoso criminoso da prisão, Lupin e sua equipe se infiltram no Reino de Dorrente. Enquanto os hábeis ladrões de todo o mundo se reúnem, Lupin tenta revelar o segredo escondido no reino.
O inspetor Zenigata é preso e a imprensa afirma que ele foi o verdadeiro mentor de todos os notórios assaltos de Lupin! Não demora muito para que o orgulho de Lupin leve a melhor sobre ele, e o rico magnata Roy Forest o manipula para aceitar um novo desafio: roubar o "Cristal do Tempo" em uma semana. O Time Crystal é um segredo do governo que se tornou público: um mecanismo de supercomputador que pode descriptografar senhas seguras mais rápido do que jamais imaginou ser possível. Mas por que Jigen está agindo tão estranhamente ultimamente? O que aconteceu com o jovem prodígio do piano que foi recentemente sequestrado? E qual é a estranha conexão entre todos eles?
A história centra-se no colegial Koiso Kenji, um garoto prodígio em matemática que passa o seu tempo trabalhando em Oz, um mundo virtual. Kenji é um gênio com números, mas mal adepto socialmente. Ele tem uma paixão secreta por Shinohara Natsuki, mas não tem coragem de dizer a ela. No início de suas férias de verão, ele é convidado por Natsuki para ajudar na celebração do 90º aniversário da sua avó. Embora Kenji não conheça os detalhes do plano, ele concorda e vai com Natsuki a casa da sua avó em Ueda, Nagano. Para grande surpresa de Kenji, ele é apresentado na casa da família Shinohara como noivo de Natsuki.
