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O leão Alex é a grande atração do zoológico do Central Park, em Nova York. Ele e seus melhores amigos, a zebra Marty, a girafa Melman e a hipopótamo Gloria, sempre passaram a vida em cativeiro e desconhecem o que é morar na selva. Curioso em saber o que há por trás dos muros do zoo, Marty decide fugir e explorar o mundo. Ao perceberem, Alex, Gloria e Melman decidem partir à sua procura. O trio encontra Marty na estação Grand Central do metrô, mas antes que consigam voltar para casa são atingidos por dardos tranquilizantes e capturados. Embarcados em um navio rumo à África, eles acabam na ilha de Madagascar, onde precisam encontrar meios de sobrevivência em uma selva verdadeira.
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Finalmente casados, Shrek e a Princesa Fiona mudam-se para o pântano. Porém, as notícias do casamento correram depressa e, logo após a lua-de-mel, recebem uma mensagem dos reis, os pais de Fiona, convidando-os para uma recepção formal. Acontece que eles ainda não sabem que a filha e o genro são dois ogres, e Shrek, antecipando problemas, viaja contrariado. A somar às dificuldades de aceitação, o casal vai ter de enfrentar a oposição do Príncipe Encantado, obcecado em casar com Fiona, e da sua mãe, a maquiavélica Fada Madrinha, desejosa de obter o poder no reino.
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Shrek é um monstrinho feio, verde e mal-disposto que recebe no pântano onde vive uma visita inesperada de personagens de contos de fadas, expulsos pelo malvado Lord Farquaad do reino onde viviam. Shrek faz um acordo com Lord Farquaad, compromete-se a convencer a princesa Fiona a tornar-se Lady Farquaad. Como amigos o montro verde conta ainda com um burro, que fala pelos cotovelos!