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A Primavera chegou. Verne e os seus amigos do bosque despertam da longa soneca de Inverno e descobrem que uma ‘coisa’ alta e verde apareceu misteriosamente no meio do seu lar. Eis senão quando surge RJ, um guaxinim oportunista, que lhes explica que o mundo para além daquela cerca é a ‘porta para a boa vida’, onde criaturas peculiares chamadas ‘humanos’ têm como principal ocupação… comer.
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O leão Alex é a grande atração do zoológico do Central Park, em Nova York. Ele e seus melhores amigos, a zebra Marty, a girafa Melman e a hipopótamo Gloria, sempre passaram a vida em cativeiro e desconhecem o que é morar na selva. Curioso em saber o que há por trás dos muros do zoo, Marty decide fugir e explorar o mundo. Ao perceberem, Alex, Gloria e Melman decidem partir à sua procura. O trio encontra Marty na estação Grand Central do metrô, mas antes que consigam voltar para casa são atingidos por dardos tranquilizantes e capturados. Embarcados em um navio rumo à África, eles acabam na ilha de Madagascar, onde precisam encontrar meios de sobrevivência em uma selva verdadeira.