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Junte-se a Scrat, Manny e Diego empenhados numa perigosa missão para salvar o maluco do Sid. Para isso, os amigos têm que se aventurar num misterioso mundo subterrâneo, no qual encontram bem de perto dinossauros, enfrentam a flora e fauna, e conhecem Buck, uma inquieta doninha de um olho só metida a caçadora de dinossauros.
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O leão Alex é a grande atração do zoológico do Central Park, em Nova York. Ele e seus melhores amigos, a zebra Marty, a girafa Melman e a hipopótamo Gloria, sempre passaram a vida em cativeiro e desconhecem o que é morar na selva. Curioso em saber o que há por trás dos muros do zoo, Marty decide fugir e explorar o mundo. Ao perceberem, Alex, Gloria e Melman decidem partir à sua procura. O trio encontra Marty na estação Grand Central do metrô, mas antes que consigam voltar para casa são atingidos por dardos tranquilizantes e capturados. Embarcados em um navio rumo à África, eles acabam na ilha de Madagascar, onde precisam encontrar meios de sobrevivência em uma selva verdadeira.
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Finalmente casados, Shrek e a Princesa Fiona mudam-se para o pântano. Porém, as notícias do casamento correram depressa e, logo após a lua-de-mel, recebem uma mensagem dos reis, os pais de Fiona, convidando-os para uma recepção formal. Acontece que eles ainda não sabem que a filha e o genro são dois ogres, e Shrek, antecipando problemas, viaja contrariado. A somar às dificuldades de aceitação, o casal vai ter de enfrentar a oposição do Príncipe Encantado, obcecado em casar com Fiona, e da sua mãe, a maquiavélica Fada Madrinha, desejosa de obter o poder no reino.
