Lupin e Jigen estão de olho em um tesouro chamado de Little Comet, localizado no país de Doroa Oriental. O país fortificou sua fronteira depois que uma cantora chamada Queen Malta foi assassinada no país vizinho, Doroa Ocidental. Apesar dos dois países serem inimigos, Lupin e Jigen ainda planejam roubar o tesouro. Durante o assalto, Jigen quase foi morto por um franco-atirador chamado Yael Okuzaki. Sua especialidade é preparar sepulturas para seus alvos antes de executar suas mortes. Dizem que ninguém sobreviveu após Yael fazer uma sepultura para um alvo.
After a chaotic heist, Lupin and Jigen find themselves becoming caretakers of a baby boy, while a young sky pirate called Yutika is after their loot. Yutika is an inhabitant of the city-state of Shahalta, which has recently fallen to a shady minister. Soon, Lupin's gang and Yutika join forces to uncover one of Shahalta's greatest treasures, facing off against both Shahaltan authorities and Zenigata.
