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A história do filme ocorre logo após o fim da primeira temporada, contando como foi que o Goro (protagonista) machucou o seu braço direito em uma partida de beisebol.
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Hibari e suas amigas aproveitam o verão para descansar um pouco de todas as ameaças que passaram, porém, em meio as suas férias de verão uma nova ameaça do espaço sideral põe em risco o bairro de Akihabara. Hibari e suas amigas não veem alternativas se não enfrentar a nova ameaça e salvar o príncipe do novo perigo que se aproxima.
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Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?
