Satomi is fine being alone until an AI named Shion joins her class with a song and a promise to make her happy. While Shion’s musical numbers and princess gowns don’t quite pass as human, her antics bring Satomi closer to four other classmates. Together, they make memories worth saving, but even our most precious data can be erased.
Kiritsugu e o jovem Shirou buscam uma forma de salvar o mundo, mesmo que isso signifique sacrificar alguns poucos pelo bem maior. Durante uma enorme catástrofe que engoliu Fuyuki, os dois encontram o último verdadeiro milagre da humanidade: a Criança de Deus. Dizem que as Crianças de Deus tem o poder de realizar qualquer desejo, mas seus poderes desaparecem com o passar dos anos. Numa guerra contra o tempo, Kiritsugu tenta encontrar a forma de utilizar a Criança, mas acaba tendo que deixar essa tarefa com o seu filho Shirou. Anos depois, os dias de felicidade na vazia Fuyuki chegam ao fim quando um ritual de matança recomeça após a Criança de Deus ser capturada: A Guerra do Cálice Sagrado. Tendo perdido tudo, Shirou está pronto para sacrificar seus ideais e todo mundo para recuperar a ferramenta de desejos onipotente… não, para resgatar a sua amada irmã.