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O ano é 2199. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, após receber um "Sistema Inverso Cosmo" em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de "Gatlantis" e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se autodenomina "Goran Dagaamu do Trovão". O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo correr para a Terra, escapa da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de raio devastadora chamada "Canhão de ataque direto de chamas" que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu recuar, mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cor estranha. A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um planeta misterioso.
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O jovem milionário Laocorn Gaudeamus está em uma cruzada para recuperar seis peças de uma armadura, que dizem dar ao usuário o poder de Marte, o lendário Deus da Guerra. Temendo que seu irmão gêmeo está lentamente a perder sua sanidade, com cada peça de armadura que ele recolhe, Sulia corre para Terry, Andy, Joe e Mai para formar a sua própria cruzada global para impedir Laocorn de abrir uma caixa de Pandora potencial e liberar uma forma incontrolável de destruição.
