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Belo Quinto recebe a visita do padre Andrew Kiernan (Gabriel Byrne), que foi mandado pelo Vaticano para investigar uma igreja que tem a estátua de uma santa que verte lágrimas de sangue. Lágrimas estas que começaram no dia em que o padre Paulo Almeida morreu. Enquanto Kiernan fotografava a estátua um garoto furta um rosário que estava junto do corpo do falecido e vende o terço para uma turista, que por sua vez manda de presente para Frankie Paige (Patricia Arquette), sua filha. Em pouco tempo, ela passa a ser vítima de "estigmas" e Andrew Kiernan o encarregado de investigar o fenômeno. Inicialmente Kiernan descarta a possibilidade dos "estigmas", mas Kiernan vê o suficiente para quebrar os padrões estabelecidos pelo Vaticano, e acredita que se ele não fizer nada, Frankie pode morrer. Gradativamente, ele passa a suspeitar que seu superior, o cardeal Daniel Houseman (Jonathan Pryce), não quer que toda a verdade venha tona.
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Depois da morte de seus dois filhos, Chris Nielson e sua mulher Annie passam por insuperáveis dificuldades emocionais. Anos depois, acontece outra tragédia: Chris também morre. Ele vai para o Paraíso, onde conhece Albert, um rapaz de bom coração que vai ajudá-lo a se adaptar à nova existência. Para Annie, a morte do marido é a última gota que a prendia à vida, e ela acaba se suicidando. Porém, diferente de Chris, ela não vai ao Paraíso, mas sim a um lugar diferente, uma espécie de purgatório onde ficam as almas perturbadas. Quando descobre o destino da mulher, Chris pede ajuda a Albert e os dois saem em uma jornada em busca da salvação da alma de Annie, provando que o amor desafia qualquer infortúnio.
