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Enquanto se preparam para se matricular em uma nova escola, as alunas do primeiro e do segundo ano encontram problemas inesperados. Além disso, depois de ir para uma viagem de formatura, as alunas do terceiro ano desaparecem. Ao serem separadas, as membros da Aqours apreciam o peso de sua união pela primeira vez. Para avançar, eles devem decidir como reagir às novas situações
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Natsume tem estado ocupado navegando entre humanos e youkais quando ele coincidentemente se reúne com um velho colega de classe, Yuki. Ele traz de volta memórias dolorosas de um certo youkai. Enquanto isso, Natsume também se familiarizou com Yorie, uma mulher nas memórias de um youkai cujo nome ele havia retornado. Yorie sabia muito sobre Reiko, mas agora vivia uma vida pacífica com seu único filho, Mukuo. Estar com essa família era reconfortante para Natsume, mas aparentemente um misterioso youkai estava à espreita em sua cidade.
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Comercial da empresa de educação por correspondência, Z-kai. Dois personagens, Miho e Shouta, vivem em locais diferentes, ela numa ilha que nem cursinho tem, e ele em Tóquio, onde trabalha em part-time. Ambos estão se esforçando para conseguirem passar nos exames para a faculdade. Apesar de distantes, estão ligados por algo: o curso por correspondência Z-kai.
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Pouco antes da conclusão do elevador espacial "Endymion" da Cidade Acadêmica. Kamijou Touma e Index encontram uma garota nível 0 chamada Arisa. Os magos estão atrás de Arisa, e atacam a Cidade Acadêmica. A líder chamada Shattouaura lidera uma unidade da Cidade Acadêmica para contra-atacar, Kamijou e Index descobrem de Stiyl que Arisa é a chave para infusão de uma guerra entre os lados da magia e da ciência. Quando a ciência cruza seus caminhos com a magia, a história começa com Endymion como palco!
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Depois de um misterioso prisioneiro foge da prisão na Cidade Central, começa a tentativa dos irmãos Elric de recapturá-lo. A busca acaba levando-os a Table City, no sudoeste do país de Creta, onde Alphonse resgata uma jovem alquimista chamada Julia do homem que está tentando capturá-la. No meio da luta, eles literalmente caem na casa de Julia, nas favelas de Milos Valley, e, só então, percebem que estão envolvidos na popular rebelião de seu povo.
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Este filme não é continuação do anime, apenas uma adaptação de toda a primeira temporada, contendo ainda alguns eventos que não estão na série.
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Kino travels to a country divided into two parts: the very clean and peaceful city, closed off from the surrounding wastelands. Kino meets a little girl in the city suffering from a disease which is constantly being researched. The girl, however, does not know just how the research is being done.
