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Jun é uma garota cujas palavras foram seladas. Ela era muito feliz, mas por conta de algo que ela disse quando era bem nova, seus pais se separaram. Um dia, um "ovo fada" apareceu em sua frente e selou sua habilidade de falar para que ela não machucasse mais ninguém. Desde essa traumática experiência, Jun passou a viver longe dos holofotes. Mas, um dia, ela é nomeada para ser um membro executivo da "Comissão de Divulgação da Comunidade”. Além disso, foi dado a Jun o papel principal no musical deles.
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Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
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Madoka Kaname, uma menina normal que tinha uma vida feliz se sacrificou para poder salvar as outras garotas mágícas de um destino cruel que aguardava por elas. Para evitar que suas lembranças sobre Madoka sejam apagadas, a garota mágica Homura Akemi continua lutando sozinha no mundo que Madoka deixou para trás, sonhando um dia em encontrar novamente com aquela que ao sorrir, lhe trazia muita nostalgia.
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O filme conta a história através do ponto de vista de Menma, além de incluir cenas de um ano após os acontecimentos da série.
