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A história se passa em Kojima, prefeitura de Okayama no ano 2020, dois dias após a data programada dos Jogos Olímpicos de Tokyo. Kokone vive com seu pai, que está sempre trabalhando na modificação de carros. Quando ela começa a investigar um sonho estranho que tem se repetido, Kokone descobre um segredo sobre sua família.
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Assassinatos em série envolvendo todos os tipos já aconteceram. Todas as vítimas são de uma escola de música dirigida por um famoso pianista. Conan e companhia foram convidados para um concerto de abertura do Music Hall construído pelo pianista. A maior atração deste show é o violino mundialmente famoso chamado de "Stradivarius" e uma participação especial de um cantor que tem afinação perfeita.
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Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.
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A Ilha de Koumi, uma bela ilha no Oceano Pacífico. Na ilha, as pessoas passam uma velha lenda de geração em geração de que existia o Palácio do Fundo do Mar, uma antiga ruína no fundo do mar, onde o tesouro de 2 mulheres piratas, Anne Bonnie e Mary Reed (que realmente existiram 300 anos atrás), foi deixado. Quando Conan e seus amigos visitam a Ilha Koumi durante as férias, eles encontram alguns caçadores de tesouros. Havia algo de suspeito sobre eles.
