A história se passa em Kojima, prefeitura de Okayama no ano 2020, dois dias após a data programada dos Jogos Olímpicos de Tokyo. Kokone vive com seu pai, que está sempre trabalhando na modificação de carros. Quando ela começa a investigar um sonho estranho que tem se repetido, Kokone descobre um segredo sobre sua família.
O tema deste filme é o amor entre pais e filhos. A história cobre 13 anos e começa com Hana, uma estudante de faculdade de 19 anos, que se encontra e se apaixona, daquela forma intensa vista nos contos de fadas, por um “lobisomem”. Depois de se casar com ele, Hana dá a luz e cria duas crianças lobo: A mais velha, Yuki (neve), nasceu em um dia em que nevava e Ame (chuva), o mais novo, nasceu em um dia chuvoso. Os quatro viviam tranquilamente em um canto da cidade, para esconder a existência de “crianças lobo”, mas, quando o lobisomem morre de repente, Hana decide se mudar para uma cidade rural, distante da modernidade.
O filme se passa poucos anos depois da Grande Guerra, antes dos eventos do jogo. O Imperador morreu e sua posição ficou desocupada sem nenhum herdeiro escolhido, entretanto o mundo parecia estar em paz.Usando o poder de uma substância poderosa conhecida como Aer, as pessoas do planeta Terca Lumireis estão numa era de descobrimento e prosperidade. A forma cristalizada de Aer, conhecida como Apatheias, é considerado uma fonte muito poderosa, e é essencial para a vida humana. Para proteger a cidade de ataques dos monstros, uma larga escala de Apatheia está sendo produzida para criar barreiras em torno da cidade. Um dia numa floresta perto da cidade Shizontania, Yuri Lowell e Flynn Scifo, dois cavaleiros que tinham se juntado há pouco tempo ao Batalhão Nylen. Eles são enviados à uma missão para investigar a anormalidade de Aer na região.
