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Van é o chefe de um grupo de soldados que estavam preparados para morrer lutando por suas terras diante de um grande império que buscava dominá-los e anexá-los ao seu território. No entanto, em vez de morrer, Van é levado como escravo para trabalhar nas minas de sal. Uma noite, uma matilha de cães misteriosos ataca as minas de sal, desencadeando uma doença misteriosa. Durante o ataque, Van aproveita a oportunidade para escapar, mas encontra uma garota. Enquanto isso, em outros lugares, começa a se espalhar o boato de que os imigrantes trazem consigo uma doença misteriosa e que devem ser evitados. O médico cientista Hossal decide então arriscar a vida para encontrar a cura para a misteriosa doença, ao mesmo tempo que outros médicos analisam pai e filho que aparentemente sobreviveram aos efeitos dela.
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Mitsuha é a filha do prefeito de uma pequena cidade, mas sonha em tentar a sorte em Tóquio. Taki trabalha em um restaurante em Tóquio e deseja largar o seu emprego. Os dois não se conhecem, mas estão conectados pelas imagens de seus sonhos.
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Por problemas de saúde, Anna é enviada para ficar com um casal de idosos em uma vila ao longo da costa. Lá ela conhece uma garota estranha chamada Marnie com quem inicia uma amizade, mas nenhum dos moradores da aldeia sabe da existência de sua nova amiga.
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Após a morte de seu pai, que deixou uma carta que nunca foi além de um cumprimento, Momo se esforça para lidar com sua dor e culpa, e se encontra distanciada de sua mãe. Quando elas se mudam para uma nova casa em uma ilha remota no Mar Interior de Seto, Momo faz amizade com um menino e sua irmã mais nova perceptiva, um carteiro tímido e três yōkais patifes. Com a ajuda deles, Momo se prepara para mergulhar em sua nova vida na ilha.
