O fanático revolucionário Shishio Makoto zarpa em seu navio couraçado em sua tentativa de iniciar uma guerra civil no Japão para derrubar o Governo Meiji, levando Kaoru com ele. Para impedí-lo a tempo, Kenshin treina com seu antigo mestre para aprender a sua técnica definitiva.
Kenshin vive tranquilamente com Kaoru e seus amigos, mas é chamado pelo Imperador do Governo Meiji. Dez anos atrás, Shishio Makoto, um ex-assassino tal como Kenshin, havia sido traído, incendiado e deixado para morrer na Batalha de Toba-Fushimi. Ele sobreviveu e vai para Kyoto e se reúne com seus guerreiros numa conspiração para derrubar o novo governo. Contra a vontade de Kaoru, Kenshin aceita relutantemente ir até Kyoto para ajudar a evitar que o país entre em uma guerra civil.
Set during the Meiji Restoration period of Edo era Japan, Naoyuki belongs to the 8th generation of the Inoyama family, a wealthy family known for finance & accounting. He is also a gifted mathematician and uses the abacus with extreme skills. Naoyuki works under the declining Kaga domain. Because of this, Naoyuki and his wife Koma suffer hardships as their stature and wealth dissipates.
