A história centra-se na Guerra do Santo Graal e explora a relação entre Emiya Shirou e Matou Sakura, dois adolescentes que participaram neste conflito. A história continua imediatamente depois de Fate / stay night: Heaven's Feel I. Presage Flower, seguindo Shirou como ele continua a participar na Guerra do Santo Graal, mesmo depois de ser eliminado como um mestre.
