Um assassino misterioso que possui uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo. Tetsuko e Tetsuya são dois irmãos ferreiros especializados em forjar espadas, e assustados com os assassinatos que estão ocorrendo em Edo, decidem contratar o Yorozuya para investigar quem é o assassino. No entanto, Tetsuya avisa a Gintoki que o assassino possui uma espada poderosa chamada Benizakura e que tem ligação com o Kiheitai. Então, Gintoki caça o misterioso assassino.
Em Karakura, uma repentina eclosão de espíritos chamados "blanks" ocorreu, enquanto nos céus da Soul Society, o mundo real foi refletido. Uma misteriosa shinigami de nome Senna apareceu antes de Ichigo, juntamente com um homem chamado Ganryu, liderando um grupo nomeado os "Dark Ones".
The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Light's old lab and based several designs off of Dr. Light's original, called "Mega Man X". X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of Commander Sigma. It is their job to terminate reploids who have become violent.
Lupin está atrás do tesouro mais precioso do chefe da máfia Galvez: o Clam of Helmeth, um cilindro verde feito de metal inquebrável, guardado pelo pistoleiro Jigen. Também purista do Clam está um colega ladrão chamado Brad e seu parceiro, Fujiko. Enquanto isso, o inspetor Zenigata, emparelhado com um detetive americano, foi despachado pela polícia japonesa para caçar e prender Fujiko. Do outro lado do mundo, o samurai Goemon procura uma espada digna de suas habilidades: uma que esteja misteriosamente conectada ao tesouro no cofre de Galvez. Em breve, cada grupo estará reunido em uma aventura épica que conta como a gangue Lupin se conheceu!
Lupin rouba uma joia extraordinária de um grupo mediterrâneo, apenas para ser interrompido por Pycal, o trapaceiro "mágico" que aparentemente morreu quando lutou contra Lupin no início da sua carreira. Pycal, agora armado com verdadeiras habilidades mágicas, está determinado a se vingar.
Em São Francisco, Califórnia; Lupin e sua gangue tentam encontrar o paradeiro de algumas Barras de Ouro em um navio naufragado na costa da Ilha de Alcatraz. Mas um chamado grupo chamado Society Seven quer as barras de ouro por seus próprios motivos. A Society Seven é composta por 7 criminosos perigosos. Eles também têm uma conexão profunda com a Ilha de Alcatraz e o assassinato do falecido presidente John Fritzgerald Kennedy.
