O filme começa em 2220, vinte anos depois do desenho original. Na trama do animê, o planeta Terra está à beira da extinção devido à radição das bombas planetárias dos Gamilions. A esperança chega na forma de uma mensagem da Rainha Starsha, do planeta Iscandar. Ela dá aos terráqueos os planos para construir um motor superluminal, que pode levar os humanos a Iscandar, onde uma máquina - o Cosmo DNA - os espera. O artefato pode limpar a radiação na Terra. Mas será que a Patrulha Estelar conseguirá viajar 148 mil anos-luz e voltar em apenas um ano terrestre? Não se os Gamilions puderem impedi-los.
Yamaguchi, Ichikawa and Kosuge dress in white military-style uniforms to "clean" the streets of Shibuya from bad elements. After rightist gang boss, Aota takes an interest in the three, the boys gradually become influenced by him, but start to go their different ways.
