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Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
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Cinco crianças salvam a vida de um alienígena parecido com um cachorro no seu acampamento de verão. Ele tenta recompensá-los, levando-os para uma colônia alienígena na Lua. Os acontecimentos pioram quando o seu relato do ataque que o feriu faz com que a passagem da Lua para a Terra seja banida, e as crianças ficam presas no espaço. As crianças precisam encontrar um caminho de volta para casa antes que o acampamento termine e seus pais descubram que estão desaparecidas. Eles também têm que evitar os caçadores furtivos que machucaram o seu amigo alienígena, e agora parecem estar a persegui-lo a todos.
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A história centra-se no colegial Koiso Kenji, um garoto prodígio em matemática que passa o seu tempo trabalhando em Oz, um mundo virtual. Kenji é um gênio com números, mas mal adepto socialmente. Ele tem uma paixão secreta por Shinohara Natsuki, mas não tem coragem de dizer a ela. No início de suas férias de verão, ele é convidado por Natsuki para ajudar na celebração do 90º aniversário da sua avó. Embora Kenji não conheça os detalhes do plano, ele concorda e vai com Natsuki a casa da sua avó em Ueda, Nagano. Para grande surpresa de Kenji, ele é apresentado na casa da família Shinohara como noivo de Natsuki.
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Na cidade do Tesouro a vida pode ser doce ou brutal. Isto é a pura verdade para nossos heróis Black e White, dois meninos rebeldes de rua que tomam conta da cidade, lutando constantemente contra o vilão do velho mundo Yakuza e criaturas alienígenas assassinas que pretendem destruir a metrópole.