Living by the sea, protecting the sea, and journeying across the sea…They’re the BLUE MERMAIDS! Because of a shift in tectonic plates around 100 years ago, Japan lost much of its area to submergence. To preserve Japan’s territories, Coastal Cities sprung up, one after the other. Eventually, they became Marine Cities, and along with the expansion of sea-lanes to connect them, the need arose for a sizable staff to protect the seas. At the same time, maritime jobs were becoming more popular among women. Hence, the BLUE MERMAIDS had become every female student’s dream job.
Depois de um misterioso prisioneiro foge da prisão na Cidade Central, começa a tentativa dos irmãos Elric de recapturá-lo. A busca acaba levando-os a Table City, no sudoeste do país de Creta, onde Alphonse resgata uma jovem alquimista chamada Julia do homem que está tentando capturá-la. No meio da luta, eles literalmente caem na casa de Julia, nas favelas de Milos Valley, e, só então, percebem que estão envolvidos na popular rebelião de seu povo.
Julho de 1998 - Depois que um grupo de delinquentes são encontrados mortos no local de encontro deles com as suas tripas arrancadas e retorcidas, Aozaki Touko recebe um pedido para encontrar o assasssino e pede ajuda a Shiki. O principal suspeito é Asagami Fujino; uma garota que era o brinquedo desses garotos até pouco tempo, a quem Shiki acreditar ser "uma da sua espécie". Enquanto isso, o amigo da escola de Kokutou Mikiya, Gakuto, pede a ele para encontrar um jovem desaparecido relacionado com o grupo de delinquentes, que aparentemente escapou do massacre e se escondeu, temendo por sua vida.