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Utena é uma garota que, desde a tragédia que levou a morte de seus pais, deseja se tornar um príncipe, assim como o qual lhe ajudou a seguir em frente após a tragédia. Por isso, ela sempre se veste como um garoto, tentando agir como um príncipe. Ela vive uma vida comum, estudando em um colégio. Mas sua vida muda quando ela encontra um anel dentro de uma rosa e acaba se complicando com o conselho estudantil do colégio, descobrindo os segredos por traz da Noiva da Rosa. Agora ela deve confrontar esses segredos e descobrir mais sobre seu passado e, quem sabe, poderá se tornar um príncipe. Mas qual é a verdade por trás disso tudo?
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Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?
