Hiroaki Tsuru

A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.

Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.

Meowth is in charge of the Team Rocket secret base, a mysterious place full of odd gadgets and gizmos. Desperate to impress the boss, Meowth wants to use the Dancing PokéBaton—a device that lets users control Pokémon as they please—to create a show that’s sure to wow. Meanwhile, Pikachu and its friends finish up playing in the forest and stumble on the base. The gang hears Whismur, the Whisper Pokémon, crying for help—but when they try to make their rescue, the Dancing PokéBaton goes off and sends the whole group into a dancing frenzy! When a noise-loving Loudred and Ludicolo get caught up in the dancing, the madness gets even wilder! What’s going to happen to Meowth’s precious secret base?

Ash, treinador de pokémons, e seus companheiros têm a difícil tarefade restaurar o equilíbrio das forças naturais na Terra para impedir que uma grande catástrofe aconteça. Para isso, precisam recuperar três pokémons que estão nas mãos de vilão.