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Ash e seus amigos visitam a cidade de Crown para assistir a Pokémon Backer World Cup. Durante sua viagem, eles encontram um Pokémon chamado Zorua, que procura pelo seu companheiro. Eles decidem ajudá-lo, mas um Pokémon chamado Zoroark - O Governante da Ilusão - está a transformar-se em Raikou, Entei e Suicune e a destruir a cidade de Crown. Além disso, Celebi retorna após 20 anos e fica em sarilhos. O que está a acontecer na cidade de Crown? O que poderia ser o "Governante da Ilusão", Zoroark? E Celebi? Ash e Cia conseguirão salvar a cidade e o Pokémon?"
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Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.
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Ash, treinador de pokémons, e seus companheiros têm a difícil tarefade restaurar o equilíbrio das forças naturais na Terra para impedir que uma grande catástrofe aconteça. Para isso, precisam recuperar três pokémons que estão nas mãos de vilão.