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A animação segue o começo da carreira de James Vega, enquanto ele lidera um esquadrão de elite das Forças Especiais em batalha contra uma ameaça aliens conhecida como The Collectors. Baseado em uma colônia em um sistema estrelar remoto, Vega e seus soldados devem proteger os civis dessa cruel invasão.
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Após a morte de seu pai, que deixou uma carta que nunca foi além de um cumprimento, Momo se esforça para lidar com sua dor e culpa, e se encontra distanciada de sua mãe. Quando elas se mudam para uma nova casa em uma ilha remota no Mar Interior de Seto, Momo faz amizade com um menino e sua irmã mais nova perceptiva, um carteiro tímido e três yōkais patifes. Com a ajuda deles, Momo se prepara para mergulhar em sua nova vida na ilha.
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Depois de um misterioso prisioneiro foge da prisão na Cidade Central, começa a tentativa dos irmãos Elric de recapturá-lo. A busca acaba levando-os a Table City, no sudoeste do país de Creta, onde Alphonse resgata uma jovem alquimista chamada Julia do homem que está tentando capturá-la. No meio da luta, eles literalmente caem na casa de Julia, nas favelas de Milos Valley, e, só então, percebem que estão envolvidos na popular rebelião de seu povo.
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O filme se passa poucos anos depois da Grande Guerra, antes dos eventos do jogo. O Imperador morreu e sua posição ficou desocupada sem nenhum herdeiro escolhido, entretanto o mundo parecia estar em paz.Usando o poder de uma substância poderosa conhecida como Aer, as pessoas do planeta Terca Lumireis estão numa era de descobrimento e prosperidade. A forma cristalizada de Aer, conhecida como Apatheias, é considerado uma fonte muito poderosa, e é essencial para a vida humana. Para proteger a cidade de ataques dos monstros, uma larga escala de Apatheia está sendo produzida para criar barreiras em torno da cidade. Um dia numa floresta perto da cidade Shizontania, Yuri Lowell e Flynn Scifo, dois cavaleiros que tinham se juntado há pouco tempo ao Batalhão Nylen. Eles são enviados à uma missão para investigar a anormalidade de Aer na região.
