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O jovem Yuta Okkotsu ganha o controle de um espírito extremamente poderoso, então um grupo de feiticeiros o matriculam na Tokyo Prefectural Jujutsu High School, para ajudá-lo a controlar esse poder e também para ficar de olho nele.
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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
