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Lupin é um famoso ladrão e, após um roubo bem sucedido, percebe que foi enganado e roubou notas falsas. Disposto a encontrar a origem do dinheiro falso, ele descobre que ele vem de um país distante e esquecido, já famoso pela fabricação de dinheiro falso no mundo todo e encontra Clarisse, a herdeira da Família Real de Cagliostro. Clarisse está em perigo devido ao segredo que sua família esconde.
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No futuro, pode-se alcançar a imortalidade obtendo um corpo mecanizado. Órfão, o jovem Tetsuro pega uma carona no trem espacial Galaxy Express 999 na esperança de obter um corpo ciborgue para vingar a morte de sua mãe. Ao longo do caminho, ele conhece Matael, que é a imagem de sua mãe morta.
