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A estação é outono e a cidade de Neo-Venezia está coberta de folhas caídas. Algo está incomodando Anya, que trabalha no Orange Planet. Suas colegas mais velhas, Alice e Athena, não se viram devido à agenda lotada, o que está fazendo Athena Mas, por algum motivo, Alice parece evitá-la completamente. Com a ajuda de suas amigas Ai e Azusa, Anya tenta encontrar uma maneira definitiva de Alice e Atenas se encontrarem. Mas durante esse tempo, Anya fica sabendo de uma situação que só ela pode ver por causa de onde ela está.
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Sete anos após ter perdido seu pai durante uma batalha em Tóquio, Anemone (Ami Koshimizu) vai atrás de vingança. Ela agora é a peça fundamental na estratégia de uma unidade experimental para derrotar o Sétimo Eureka, que está matando milhões de pessoas e destruindo continentes. A única maneira de contra-atacar é atingir o inimigo por dentro. Embora seja arriscado, com a ajuda de Dominic (Shigenori Yamazaki) e uma menina de cabelo azul (Kaori Nazuka), Anemone fará o que for preciso para cumprir o plano e salvar a humanidade.
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Meicoomon rampages after witnessing Meiko Mochizuki being injured by the man bearing Gennai's likeness. "It would have been better if you hadn't been born..." Meicoomon disappears into the Real World, which has since become distorted. Possessing overwhelming power, she's the key to the world's destruction.
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Nagisa Yukiai, uma garota que vive no litoral, acredita que existem "kotodamas", espíritos que residem em palavras. Um dia, ela encontra uma estação de rádio abandonada e começa a fazer o trabalho de DJ usando a instalação, mas sua voz alcança alguém que ela jamais imaginava.
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O filme vai girar em torno de um mistério que acontece no dia do festival "Dia da Justiça", que celebra a lendária deusa de Sternbild.
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Este filme não é continuação do anime, apenas uma adaptação de toda a primeira temporada, contendo ainda alguns eventos que não estão na série.
