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Ruka é uma jovem garota cujos pais são separados e cujo pai trabalha em um aquário. Quando dois meninos, Umi e Sora, que foram criados no mar por dugongos, são levados ao aquário, Ruka se sente atraída por eles e começa a perceber que ela tem o mesmo tipo de conexão sobrenatural com o oceano que eles. O poder especial de Umi e Sora parece estar conectado a eventos estranhos que ocorrem cada vez mais frequentemente, como o aparecimento de criaturas marinhas longe de seu território e o desaparecimento de animais de aquário em todo o mundo. No entanto, a natureza exata do poder dos meninos e dos eventos anormais é desconhecida, e Ruka é atraída para investigar o mistério que cerca seus novos amigos.
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Comparável às Armas Antigas, o trunfo dos fuzileiros navais, as “Pedras Dyna”, de repente foram roubadas por um homem terrivelmente poderoso, o ex- Almirante “Z”! Após uma curta e devastadora batalha contra o almirante Kizaru, “Z” fica gravemente ferido e é encontrado no mar pelo bando dos Chapéus de Palha, porém decide acabar com eles após saber que são piratas. A sede da Marinha finalmente se move para lidar com a conspiração que ameaça abalar os pilares do Novo Mundo.
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Num belo dia na cidade de Kanon, Mephisto aparece depois de ter se recuperado do ruído do mal para poder levar sua filha Ako de volta para Major Land. Quando de repente um terrível som ecoa pela cidade, um som vindo da Major Land que fez toda a música desaparecer. Cabe mais uma vez as lendárias guerreiras Pretty Cure lutarem para reaverem a música com a força de sua harmonia!
