Desde o fim do homem que acreditavam ser o imperador mais tirano da Britânia um ano atrás, o mundo gozou de uma paz nunca antes vista sob a direção da Federação das Nações Unidas. Entretanto, essa paz frágil é destruída quando militantes armados raptam a antiga princesa Nunnally vi Britania e Kururugi Suzaku, o conselheiro chefe dos Cavaleiros Negros, iniciando uma crise internacional. O poderoso e nada confiável Reino do Zilkhstão é acusado de orquestrar suas capturas. Para investigar, autoridades mundiais enviam Kallen Stadtfeld e seus companheiros numa operação furtiva no país. Lá, eles encontram a imortal C.C., que está numa missão para completar a ressurreição do homem responsável pela maior revolução da história, uma lenda que irá se erguer, tomar comando, e salvar o mundo do perigo outra vez.
As férias de verão estão chegando ao fim. Suguru ganha uma viagem gratuita para Okinawa, e todos os cinco alunos da escola secundária Asahigaoka estão animados para terminar suas férias se divertindo. Junto com Hikage, Konomi sua professora e a dona da loja de doces, todos vão para Okinawa ter uma divertida viagem de três dias. Chegando lá, Natsumi faz amizade com Aoi, a garota que ajuda no hotel que elas ficam.
The year is 2314 AD, two years have passed since the defeat of the Innovators and the exposure of the A-Laws' crimes against humanity. The A-Laws have been abolished and their infrastructure integrated into the Earth Sphere Federation Army. However, the world's exposure to GN Particles has resulted in many people awakening as True Innovators. Celestial Being has returned to the shadows to rebuild and quietly observe the infantile peace. However, an abandoned probe from an expedition to Jupiter 130 years ago approaches Earth bringing a new crisis with it, one that threatens all of mankind. While Celestial Being begins their final mission to save humanity from an unimaginable threat, Gundam Meister Setsuna F. Seiei is about to discover the true purpose of his evolution as an Innovator. Aeolia Schenberg's plan has moved into its final stage...