História original criada pelo mangaká de Kuroko no Basket: Tadatoshi Fujimaki. Kuroko e seus colegas vão para o segundo ano e o verão está acabando. O popular time de basquete de rua, Jabberwock, chega no japão. Mas, no que é para ser um amistoso, eles humilham com o time japonês e zoam o basquete japonês.
Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
No ano 2116, o governo japonês começa a exportar o “Sistema Sybil” e seus drones não tripulados para vários países em crise em todo o mundo. Um país no meio de uma guerra civil, SEAUn (União dos Países do Leste Asiático) utiliza o Sybil como um experimento. Com o novo sistema, a cidade costeira de Shambala Float alcança paz e a segurança temporária. Mas quando terroristas de SEAUn são enviados para o Japão e atacam o sistema central de Sybil por dentro, um policial de Shambala Float, Tsunemori, viaja para investigar o incidente. No Japão ele procura entender a verdadeira justiça neste novo território.
A história do anime se passa em 2027, um ano após o final da quarta guerra não-nuclear. New Port City ainda está se recuperando do pós-guerra, quando ela sofre um atentado provocado por uma mina automotor. Em seguida, um membro de uma unidade militar é morto a tiros. Durante a investigação, a Segurança Pública da Seção Daisuke Aramaki encontra Motoko Kusanagi, a cyborg hacker atribuída a unidade secreta 501 dos militares. Batou, um homem com o "olho que não dorme", suspeita que Kusanagi é a pessoa por trás do atentado. O Polícial detetive Togusa de Niihama está perseguindo seus próprios casos duais da morte a tiros e assassinato de uma prostituta. Motoko está sendo vigiada por Kurutsu, cabeça da unidade secreta do 501 e os agentes ciborgues.
This story involves the shopkeeper Suzuri of Kokumondou who sells historic books and Mizuki, granddaughter of the land owner. When Mizuki releases a somewhat cute young spider demon out of a sealed book, the pair investigate the origins behind it.
