Em um mundo apocalíptico, onde uma pandemia mata a maioria das crianças e adolescentes da América, alguns sobreviventes desenvolvem poderes sobrenaturais. Eles então são tirados pelo governo de suas famílias e enviados para campos de custódia. Ruby (Amandla Stenberg), uma das sobreviventes, consegue escapar com outras crianças e sua vida muda para sempre.
Uma década após os eventos do primeiro filme, a maior parte da população humana foi aniquilada e uma nação crescente de macacos evoluídos ameaça um grupo de humanos. Este conflito entre macacos e humanos irá definir qual será a espécie dominante da Terra - ou decidir se ambas poderão coexistir.
Um grupo de inteligentes adolescentes é recrutado para um acampamento de verão da Nasa, onde deverão competir com as suas maiores habilidades para o desafio final. Mas, quando uma nave com três astronautas fica presa no espaço, esses jovens prodígios deverão embarcar em uma inesperada missão de resgate.
