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Madoka Kaname, uma menina normal que tinha uma vida feliz se sacrificou para poder salvar as outras garotas mágícas de um destino cruel que aguardava por elas. Para evitar que suas lembranças sobre Madoka sejam apagadas, a garota mágica Homura Akemi continua lutando sozinha no mundo que Madoka deixou para trás, sonhando um dia em encontrar novamente com aquela que ao sorrir, lhe trazia muita nostalgia.
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Demônios que antes quase destruíram o mundo, agora foram libertados por alguém. Para evitar a destruição, os demônios devem ser novamente selados e trancados, e a única pessoa capaz de fazer isto é uma menina chamada Shion. Ela vem do país do demônio e é capaz de duas coisas: prever a morte de pessoas e também selar demônios. Desta vez, a missão de Naruto é proteger Shion, mas ela prevê a morte dele.