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Depois de lutar por todas as sete Singularidades, a Organização de Segurança da Caldéia finalmente chegou ao ponto final da Grande Ordem: A Singularidade Final, Grande Templo do Tempo: Salomão. Agora é a hora de derrotar a raiz de todo o mal, Salomão, o Rei dos Magos. Agora é a hora de reivindicar o futuro. Com a operação final se aproximando, Romani Archaman considera as escolhas que logo terá que fazer, Mash Kyrielight fala sobre as limitações da vida e Fujimaru se prepara para receber um novo Código Místico. Todos os seus muitos encontros levaram a este momento em que Fujimaru e Mash finalmente embarcam em sua operação final...
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O cavaleiro errante, Bedivere, chega ao fim de sua jornada. O ano é 1273 AD em Jerusalém. A Terra Santa foi transformada em um enorme deserto, as pessoas foram forçadas a deixar suas casas e três grandes potências lutam entre si neste deserto. Os Cavaleiros da Távola Redonda se unem para proteger a Cidade Santa e seu Rei Leão. Com todo o seu reino convocado para uma terra estranha, Ozymandias, o Rei Sol, discretamente conspirou contra a tirania deste reino bizarro. Os montanheses, protetores daqueles que foram despojados de suas terras, aguardam sua chance de rebelião. Para cumprir sua missão, Bedivere segue para a Cidade Santa, onde o Rei Leão governa. Lá ele encontra o Mestre final da humanidade, Ritsuka Fujimaru, que veio a Jerusalém, acompanhado por seu Demi-Servo, Mash Kyrielight, em sua missão para restaurar a história humana. Bedivere se junta a Fujimaru e seus companheiros para empreender essa missão.
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Dual e Dorothy são dois antivírus que cuidam para que nenhum problema aconteça no sistema. Elas escaneiam diversos mundos paralelos, que na verdade são backups do nosso mundo, e deletam os mundos que estiverem contaminados. Certo dia, uma menina aparece no mundo virtual delas. Quem é essa menina? O que ela faz ali? Ela é um programa, como Dual e Dorothy, ou uma humana? Juntas, as três meninas embarcam pelos diversos mundos de backup a procura de respostas e, pela primeira vez, Dual e Dorothy questionam a própria existência.
