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Conforme Ash e seus amigos continuam sua jornada, Volcanion cai do céu na frente deles. O objetivo de Volcanion é recuperar Magearna, que foi sequestrada pelo "Reino Azoth", uma cidade de super máquinas. No entanto, Volcanion e Ash tornaram-se ligados entre si por um estranho cinto magnético. Será que os dois conseguirão trabalhar juntos e salvar Magearna?
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Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
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O ano é 2148. Dois anos se passaram desde que o mundo foi defendido pela misteriosa Festum, deixando o mundo em paz. Soushi prometeu a Kazuki que um dia ele iria voltar à Ilha Tatsumiya, mas em vez disso ele ainda se mantém escondido, vivendo sua vida na paz que ele criou. Mas um dia, um misterioso navio chega à Ilha Tatsumiya... Um navio sem ninguém, apenas uma menina dormindo no navio. A paz não vai durar tanto tempo como todo mundo acreditava...
